El nombre de la estación procede de dos referencias muy próximas: Las Margaritas, el barrio getafense junto a la vía, y el cercano campus de Getafe de la Universidad Carlos III de Madrid. En el uso del transporte público, la denominación compuesta ha servido para orientar al viajero tanto hacia el barrio residencial como hacia el destino universitario.
Las Margaritas no es aquí un nombre medieval ni un antropónimo. Es un topónimo urbano moderno con una identidad claramente floral. La documentación oficial regional sobre actuaciones de regeneración en la zona enumera muchas calles con nombres de flores, entre ellas Adelfa, Alhelí, Amapola, Azahar, Azucena, Camelias, Clavel, Crisantemo, Flor de Lis, Geranio, Gladiolo, Hortensia, Jazmín, Lila, Loto, Nardos, Pensamiento y Rosa. Ese patrón respalda la lectura de margaritas como flores, aunque esos mismos documentos muestran que no todas las calles del ámbito siguen la temática floral.
La cronología ferroviaria empieza antes del añadido universitario. Una noticia contemporánea de El País anunció que el nuevo apeadero de Renfe de Las Margaritas entraría en servicio el 23 de enero de 1987, con parada de los trenes de cercanías Madrid-Parla. Los listados ferroviarios sitúan también el apeadero en el punto kilométrico 12/855 de la línea Madrid-Badajoz y dan la misma fecha de puesta en servicio, 23 de enero de 1987.
La segunda parte del nombre refleja la conversión posterior de Getafe en ciudad universitaria. La Universidad Carlos III de Madrid fue creada por la Ley 9/1989, de 5 de mayo, y esa ley situó la Facultad de Ciencias Sociales y Jurídicas en el campus de Getafe. La propia información de acceso de la universidad identifica Las Margaritas Universidad como la parada de tren del campus de Getafe, a pocos minutos a pie de la calle Madrid 126.
La cautela principal afecta al uso actual. El Consorcio Regional de Transportes de Madrid sigue mostrando la estación como Las Margaritas - Universidad, y la página municipal del barrio también usa Las Margaritas Universidad. En cambio, la página de Adif y la ficha de Renfe para el código 37010 la identifican simplemente como Las Margaritas. Por tanto, el origen del nombre compuesto es claro, pero la ficha debería señalar la discrepancia de denominación oficial actual y tratar la fecha de renombramiento del 28 de mayo de 1995 como secundaria hasta localizar una fuente ferroviaria o municipal primaria.