El nombre de la estación es una combinación con guion entre una institución regional y un barrio. **Asamblea de Madrid** remite al parlamento de la Comunidad de Madrid, cuya sede actual se encuentra muy cerca, en Puente de Vallecas. **Entrevías** conserva el nombre anterior de la estación y del barrio al que da servicio.
El topónimo antiguo es especialmente literal. En un artículo de 2004 sobre toponimia madrileña, Fernando Jiménez de Gregorio definió Entrevías como un barrio de Madrid situado entre dos vías del tren. Esa explicación encaja con la geografía local: los corredores ferroviarios han formado durante mucho tiempo bordes duros en esta zona del sureste de Madrid y han condicionado tanto la movilidad diaria como la identidad urbana del barrio.
La parada ferroviaria es moderna en comparación con las líneas que la rodean. Una cronología ferroviaria recoge que el apeadero de Entrevías entró en servicio el 10 de febrero de 1977, en el punto kilométrico 3,790 de la línea de Madrid a Barcelona. Con el desarrollo de Cercanías, pasó a ser uno de los accesos ferroviarios de Entrevías y de los barrios próximos de Puente de Vallecas.
La parte institucional del nombre llegó con un gran traslado cívico. La propia Asamblea de Madrid fecha la inauguración de su nueva sede el 28 de septiembre de 1998, tras el acuerdo de trasladar el parlamento regional al llamado Madrid Sur, en el distrito de Puente de Vallecas. Fuentes ferroviarias secundarias indican que la estación dejó entonces de llamarse solo Entrevías y pasó a denominarse Asamblea de Madrid-Entrevías, aunque una fuente sitúa el cambio en 1999 en lugar de 1998.
Por eso el nombre debe leerse como una superposición, no como un origen único. Mantiene el topónimo ferroviario antiguo y descriptivo, y añade el nuevo hito público. Las obras posteriores sobre las vías hicieron visible esa paradoja: en 2006 la prensa describía el cubrimiento de solo unos 500 metros de vía a la altura de la estación, con una losa o bulevar público, mientras buena parte de la línea seguía dividiendo la zona.