El nombre de la estación de Cercanías debe entenderse primero como un topónimo de lugar: identifica la parada ferroviaria que sirve a San Fernando de Henares, en el sector oriental del área metropolitana de Madrid. Adif y Renfe la registran como San Fernando de Henares, mientras que el Consorcio Regional de Transportes presenta la parada de Cercanías como San Fernando y sitúa su acceso en la calle Estación de Ferrocarril, 6, en Coslada. Esa doble forma responde más a su posición en el borde urbano que a una etimología distinta.
Detrás del nombre de la estación está el Real Sitio de San Fernando, creado en el siglo XVIII. El lugar anterior adquirido por la Corona fue Torrejón de la Ribera, comprado por orden de Felipe V mediante real decreto de 29 de junio de 1746 para establecer una Real Fábrica de Paños superfinos. Tras la muerte de Felipe V, Fernando VI tomó posesión del lugar y bajo su reinado se desarrolló el nuevo asentamiento industrial.
La parte “San Fernando” remite en último término a san Fernando, identificado normalmente con Fernando III de Castilla y León, el rey medieval llamado “el Santo”. Un registro de autoridad de la Biblioteca Virtual del Patrimonio Bibliográfico lo identifica como Fernando III, rey de Castilla, santo, 1201-1252, y señala su canonización en 1671. En este nombre de estación, no obstante, el santo no es el objeto nombrado de forma inmediata: la estación se nombra por el municipio, y el nombre regio del municipio enlaza al fundador borbónico Fernando VI con su santo homónimo.
La segunda parte del topónimo, “de Henares”, pertenece a una capa posterior de nomenclatura oficial. En la reforma nacional de nombres municipales publicada en la Gaceta de Madrid el 2 de julio de 1916, “San Fernando, partido de Alcalá de Henares” pasó a llamarse “San Fernando de Henares”. Algunas narraciones locales afirman que la localidad también fue conocida como San Fernando de Jarama, algo comprensible por la mayor cercanía del Jarama al casco histórico, pero la lista oficial de 1916 recoge el nombre anterior simplemente como San Fernando.
En la explicación pública, la formulación más segura es esta: la estación toma su nombre del municipio de San Fernando de Henares; el nombre del municipio procede del Real Sitio de San Fernando creado alrededor del proyecto fabril de Fernando VI, y en último término de san Fernando III, con “Henares” añadido como calificador fluvial oficial en 1916. También conviene distinguir esta parada de la estación de Metro de la línea 7 llamada San Fernando, situada en el centro urbano, aunque algunas páginas oficiales de transporte usan igualmente la forma abreviada San Fernando para la estación de Cercanías.