La estación de Soto del Henares toma su nombre del barrio de Soto del Henares, en la parte oriental de Torrejón de Ardoz. Renfe describe la parada como un apeadero situado en el barrio homónimo, al servicio de Soto del Henares, Mancha Amarilla, La Zarzuela, el Hospital de Torrejón y el polígono industrial Casablanca. Por tanto, no es un nombre conmemorativo, sino un topónimo local incorporado a la red ferroviaria desde el área urbana a la que sirve.
La expresión es descriptiva. La Real Academia Española define soto como un sitio que en las riberas o vegas está poblado de árboles y arbustos, y da su origen en el latín saltus, 'bosque' o 'selva'. En Soto del Henares, esa palabra se une al Henares, el río que articula el corredor oriental de Madrid y que aparece en numerosos nombres locales de la zona.
Existe además un espacio natural protegido llamado Soto del Henares. El Decreto 169/2000 de la Comunidad de Madrid, publicado en el Boletín Oficial regional el 2 de agosto de 2000, estableció un régimen de protección preventiva para un espacio natural de unas 332 hectáreas llamado Soto del Henares en los términos municipales de Alcalá de Henares y Los Santos de la Humosa. El decreto lo describe como uno de los mejores bosques de ribera de Madrid asociado a cantiles arcillosos y meandros del Henares, y como parte del corredor ecológico de la cuenca Jarama-Henares.
El contexto urbano inmediato de la estación es mucho más reciente. El desarrollo de Soto del Henares en Torrejón ya estaba tramitando sus primeras licencias de obra en julio de 2006, y la parada ferroviaria fue inaugurada el 31 de agosto de 2015, con el primer tren detenido allí a las 5:16 de la mañana siguiente. El Ayuntamiento la presentó como una conexión largamente demandada para los barrios orientales y para el hospital, mientras que Renfe la incluye en las líneas C-2, C-7 y C-8 de Cercanías Madrid.
La zona conserva también una capa arqueológica mucho más antigua. Los trabajos vinculados al Plan Parcial Soto del Henares documentaron un extenso 'campo de hoyos' de más de 20 hectáreas cerca de la desembocadura del Torote en el Henares, con más de 1.000 estructuras excavadas y fases de ocupación del Neolítico, Calcolítico, Edad del Bronce y Primera Edad del Hierro. Esa arqueología enriquece la historia del lugar, pero no es el origen directo del nombre de la estación; la explicación más sólida sigue siendo el nombre del barrio moderno, basado en un término antiguo del paisaje ribereño.