La estación de La Garena toma su nombre del barrio de La Garena de Alcalá de Henares, situado en el borde occidental de la ciudad. El nombre ferroviario actual es, por tanto, un topónimo local: el apeadero se construyó para dar servicio a una nueva zona residencial, comercial y empresarial desarrollada en el ámbito del consorcio urbanístico La Garena.
El nombre es mucho más antiguo que el barrio del siglo XXI. La investigación histórica sobre la familia Lucena documenta una heredad cercana a Alcalá llamada La Garena o La Garcena, comprada hacia 1495 por Carlos de Lucena. Un artículo municipal reciente del cronista oficial de Alcalá también presenta La Garena como una gran heredad y recuerda que Miguel de Portilla, en su historia de Alcalá de 1725, decía que tenía una casa de campo considerable.
La finca estuvo vinculada a los Lucena-Castillo, una familia conversa acomodada del Alcalá del siglo XVI. El lugar aparece en la historia de los alumbrados porque Juan del Castillo, Petronila de Lucena y otros parientes fueron investigados por la Inquisición; una de las narraciones señala que en la heredad de La Garena se ocultaron cartas y un libro prohibido. Esto no significa que la estación esté dedicada a los alumbrados, pero sí da al topónimo un trasfondo histórico poco común.
La parada ferroviaria, en cambio, es moderna. Un anuncio del BOE de 2002 recoge la adjudicación de las obras de la estación de Cercanías La Garena, y la prensa de la época informó de su inauguración en mayo de 2004 en el barrio de La Garena. Actualmente el Consorcio Regional de Transportes de Madrid la incluye en las líneas C-2, C-7 y C-8 de Cercanías, con acceso por la calle Fausto Elhuyar.
El origen lingüístico más profundo es menos seguro. La explicación más verosímil relaciona La Garena con el francés garenne o el latín medieval warenna, palabra que designaba un coto señorial de caza o una conejera; los diccionarios franceses documentan ese significado y sus formas medievales. Sin embargo, no se ha localizado un documento primario alcalaíno ni una ficha toponímica especializada que derive explícitamente este topónimo concreto de garenne, por lo que el nombre histórico está bien sustentado, pero la etimología debe tratarse como probable y no como plenamente verificada.