El nombre de la estación es un topónimo compuesto. **Móstoles** identifica el municipio al que sirve, mientras que **El Soto** remite al barrio y zona verde occidental situada en torno a la calle Granada, donde Renfe ubica la estación. La propia información de Renfe indica que Móstoles-El Soto presta servicio en la línea C-5 de Cercanías y se encuentra en el barrio de El Soto de Móstoles.
La palabra antigua que hay detrás de la segunda parte es sencilla, pero muy ligada al terreno. La Real Academia Española define **soto** como un sitio poblado de árboles y arbustos, especialmente en riberas o vegas, y lo deriva del latín **saltus**, 'bosque' o 'selva'. Por eso El Soto es antes un nombre de paisaje que un nombre ferroviario: evoca una zona arbolada, no una persona ni un acontecimiento.
En Móstoles, ese significado encaja con la geografía local. El municipio cuenta con un **arroyo del Soto**, y el ayuntamiento recoge una **Vía Verde Arroyo del Soto** en el Camino del Soto de San Marcos, entre el Parque Natural de El Soto y la Colonia Parque Guadarrama. Un estudio ambiental municipal describe el arroyo del Soto como un cauce que drena buena parte del norte de Móstoles y avanza hacia su confluencia con el Guadarrama, con un tramo urbano canalizado que actúa como corredor verde y termina en el Parque Natural del Soto.
El parque municipal cercano mantiene vivo ese mismo topónimo en el uso cotidiano. El Ayuntamiento de Móstoles incluye el **Parque Natural El Soto** en el distrito Oeste, lo cataloga como parque singular y le atribuye una superficie actual de 387.716 metros cuadrados. Así, la estación denomina una cabecera de transporte mediante un paisaje reconocible: el municipio más el Soto arbolado asociado al arroyo y al parque.
También conviene corregir la historia nominal de la propia estación. Renfe afirma que la estación se inauguró en 1984 con el nombre de **Villaviciosa de Odón**, pese a la distancia respecto de ese municipio, y que después pasó a conocerse con el nombre actual de Móstoles-El Soto. La célebre historia mostoleña del 2 de mayo de 1808 es importante para la ciudad, pero no es el origen directo de esta estación; debe tratarse como contexto de Móstoles, no como explicación de 'El Soto'.