La estación de Las Matas toma su nombre del núcleo de Las Matas, en Las Rozas de Madrid. Es un nombre descriptivo, no conmemorativo: en español, mata puede significar una planta leñosa baja, una planta pequeña, una ramita o pie de hierba, e incluso una porción de terreno cubierta por árboles o arbustos. En un paisaje madrileño de matorral, encinas, retamares y suelos arenosos, el nombre se entiende como un topónimo vegetal: el lugar de las matas.
La forma antigua citada con más frecuencia para la zona es Matas Altas. La documentación urbanística del Ayuntamiento de Las Rozas indica que este nombre aparece en un mapa de 1755 y lo relaciona con la ruta hacia Segovia. Ese dato es importante porque muestra que el topónimo es anterior a la estación de Cercanías y anterior a las grandes instalaciones ferroviarias que después dieron fama a Las Matas.
El ferrocarril cambió la escala y la identidad del lugar. El tramo Madrid-El Escorial del ferrocarril del Norte se abrió al público el 9 de agosto de 1861, y las crónicas de la ruta citan Las Matas entre las paradas intermedias entre Madrid y El Escorial. Desde entonces, el antiguo nombre del paisaje quedó fijado a un punto ferroviario de la línea que acabaría formando parte del eje Madrid-Irún/Hendaya.
A comienzos del siglo XX, Las Matas pasó a ser mucho más que una parada. Fuentes municipales señalan que las obras de la estación de clasificación de mercancías terminaron en 1919, tras iniciarse cuatro años antes, y que la compañía decidió después construir 47 viviendas para empleados ferroviarios; esas casas empezaron a levantarse en 1922. La página municipal del Museo del Ferrocarril describe el barrio ferroviario actual de Las Matas como uno de los mejores ejemplos conservados de poblado ferroviario en España.
Por tanto, el origen del nombre está bien respaldado, pero la versión más simple necesita un matiz. Las Matas no fue un nombre creado por el ferrocarril: el ferrocarril heredó un topónimo descriptivo anterior, probablemente relacionado con Matas Altas, y después le dio permanencia urbana y social. El nombre de la estación conserva las dos capas: la palabra vegetal mata y la comunidad ferroviaria que creció a su alrededor.