La estación de El Escorial toma su nombre del municipio de El Escorial, al noroeste de Madrid, donde se encuentra la estación ferroviaria. Las fuentes modernas de transporte identifican la parada como El Escorial y la sitúan en ese municipio, con servicio de Cercanías y conexión con la red ferroviaria general.
Detrás del nombre de la estación hay un topónimo antiguo, documentado en formas como Escurial y Escorial. La explicación especializada actual más directa entiende escorial como una formación colectiva en -al a partir de escoria, procedente en último término del latín scoria: un lugar asociado a escorias, cenizas o residuos de trabajos metalúrgicos o actividades relacionadas. Esa lectura encaja con el significado común de escorial en español, que la RAE define como sitio o montón donde se echan escorias metalúrgicas.
Esta explicación tiene raíces históricas antiguas. El cronista jerónimo padre José de Sigüenza ya vinculó el nombre con scoria a comienzos del siglo XVII, al mencionar cenizas y escorias cerca del lugar del monasterio real. Toponomasticon Hispaniae sostiene hoy esa misma familia de explicaciones en sentido amplio y destaca especialmente el Bosque de la Herrería y su denominación antigua como Dehesa de las Ferrerías de Fuentelámparas.
Existe, sin embargo, una teoría rival importante. Martín Sarmiento defendió en el siglo XVIII que Escurial procedía de aesculus o esculus, nombre latino relacionado con robles, encinas o quejigos; el material municipal de El Escorial también presenta el origen de la villa como ligado a un paisaje arbolado de ésculos, carvajos o quejigos. Jairo J. García Sánchez, en el Centro Virtual Cervantes, ofrece igualmente El Escorial como ejemplo de topónimo arbóreo derivado de aesculus.
Para una lectura pública, la formulación más prudente debe tener dos niveles: la estación se llama con seguridad por el municipio; el nombre del municipio se explica hoy probablemente mejor por la teoría scoria/escoria de Toponomasticon Hispaniae, aunque la teoría de la encina/esculus sigue siendo una alternativa documentada y favorecida localmente. El nombre ferroviario parece usarse desde la estación decimonónica, mientras que la historia administrativa del municipio incluye formas como El Escorial de Abajo antes de la normalización del siglo XX como El Escorial.