El nombre de la estación es un nombre compuesto de servicio. La estación ferroviaria está en el municipio de Santa María de la Alameda, en el núcleo conocido como La Estación, y la segunda parte, Peguerinos, señala el municipio cercano de Ávila al que también da servicio. La página de Adif y el mapa de Cercanías de Renfe conservan la forma completa Santa María de la Alameda-Peguerinos.
El primer topónimo tiene una lectura religiosa y paisajística evidente: Santa María remite a la Virgen María, y alameda significa un lugar poblado de álamos o un paseo con álamos. La información patrimonial del municipio destaca la iglesia parroquial de Nuestra Señora de la Alameda, edificio del siglo XVI situado frente al ayuntamiento en el centro histórico. Eso hace plausible la explicación tradicional, pero conviene formularla con cautela.
La historia local es más prudente que la leyenda sencilla. La página municipal de historia dice que la fundación de Santa María de la Alameda se desconoce con certeza y que puede relacionarse con la repoblación posterior a la reconquista de la zona desde finales del siglo XI; también indica que el nombre podría proceder del apellido de un primer poblador o propietario. ADI Sierra Oeste añade otra pista toponímica local, al sugerir que el despoblado de El Alaminejo pudo influir en el topónimo actual.
Peguerinos introduce otra economía serrana. La RAE define peguero como la persona que saca o fabrica la pez, o trata con ella, y peguera como el hoyo donde se quema leña de pino para obtener alquitrán y pez. En un territorio de pinares como Peguerinos, esto da una base lingüística sólida para vincular el topónimo con la resina, la fabricación de pez y los oficios forestales, aunque no se ha localizado una página etimológica municipal que lo afirme directamente.
Para una ficha pública, la formulación más segura es que la estación se llama por dos municipios, no directamente por una santa y un oficio. Las etimologías profundas no tienen el mismo grado de certeza: alameda y peguero son voces seguras de diccionario, la advocación de la iglesia está bien documentada y la explicación de Peguerinos es lingüísticamente fuerte; el motivo histórico exacto por el que Santa María de la Alameda recibió su nombre municipal completo sigue siendo parcialmente incierto.