El nombre de la estación procede de Los Negrales, la zona residencial situada en torno al apeadero. Las fuentes ferroviarias oficiales registran Los Negrales como estación del municipio de Alpedrete, y el Consorcio Regional de Transportes de Madrid la sitúa en la línea C-8 de Cercanías, con acceso por la calle del Raso. En la geografía cotidiana, sin embargo, el nombre designa un ámbito residencial más amplio, cercano a los límites municipales de Alpedrete y Collado Villalba.
La explicación local del topónimo es botánica. La página del Colegio Público Los Negrales en EducaMadrid afirma que el nombre de la zona residencial procede de un bosque cercano de pino negral. En español, negral significa negruzco o más oscuro que otros árboles o productos semejantes, y pino negral es un nombre tradicional de pino cuyo referente científico puede variar según la comarca.
Para Madrid, el mejor apoyo botánico apunta al Pinus pinaster, conocido también como pino marítimo, pino resinero o pino rodeno. Una publicación forestal de la Real Academia de Ingeniería señala que el Pinus pinaster era conocido como pino negral en Madrid, entre otras provincias, aunque advierte también que el mismo nombre vulgar se aplica al Pinus nigra en otras regiones. Así, el topónimo resulta verosímil sin presentar el nombre popular como si fuera botánicamente único en toda España.
Los Negrales pertenece también a la historia del veraneo en las estribaciones de la Sierra de Guadarrama. EducaMadrid describe la zona como un área residencial de chalets, con las viviendas más antiguas fechadas en la primera mitad del siglo XX y un crecimiento paulatino desde comienzos de esa centuria. La misma fuente indica que muchas casas son segundas residencias, por lo que la población aumenta notablemente en verano y en periodos vacacionales.
No se ha localizado una orden oficial consultada que fije la fecha exacta en que la estación recibió el nombre de Los Negrales. El marco ferroviario es más antiguo: la línea Villalba-Segovia entró en servicio en 1888, mientras que el apeadero actual figura hoy en Adif, Renfe y el CRTM con el nombre Los Negrales. Por tanto, la etimología puede considerarse verificada para el origen del topónimo y el nombre actual de la estación, con la cautela de que la fecha precisa de denominación ferroviaria sigue sin comprobarse.