El nombre de la estación es directo y geográfico: **Puerto de Navacerrada** es la parada de Cercanías situada en el puerto de montaña del mismo nombre. La ficha de Renfe la identifica como Puerto de Navacerrada en la línea C-9, dentro del municipio de Cercedilla, y el Consorcio Regional de Transportes la incluye entre Cercedilla y Cotos.
El nombre antiguo que está detrás de la estación es **Navacerrada**. Toponomasticon Hispaniae lo analiza como un topónimo formado por **nava** y **cerrada**, pero advierte que esos dos elementos no son tan transparentes como parecen. En el uso lexicográfico común, nava designa una tierra llana, sin árboles, a veces pantanosa y generalmente entre montañas; en la toponimia especializada, sin embargo, su origen y su valor exacto cambian según el lugar.
El puerto no recibe ese nombre porque el ferrocarril inventara una etiqueta descriptiva. La lectura toponímica más sólida es que la villa cercana de Navacerrada dio nombre al puerto y al río. Toponomasticon Hispaniae documenta la localidad en 1498 entre los lugares de Navacerrada y Cercedilla, y recuerda que el Puerto de Navacerrada pertenece al municipio vecino de Cercedilla aunque el nombre remita a Navacerrada.
La segunda parte, **cerrada**, es la más delicada. Puede aludir a una nava cercada para el ganado, pero también a un lugar cerrado por cerros, de acceso difícil o cubierto por vegetación espesa. Por eso una traducción como nava cercada o prado llano cercado es verosímil, pero resulta demasiado tajante si se presenta como el único significado posible.
El ferrocarril incorporó el nombre al mapa del transporte madrileño en 1923, cuando se inauguró el ferrocarril eléctrico de montaña entre Cercedilla y el Puerto de Navacerrada. La estación acabó integrada en la línea C-9 de Cercanías, uno de los servicios ferroviarios más singulares de Madrid: una línea de ancho métrico que asciende hasta un puerto alto, asociado desde hace décadas con la nieve, el excursionismo y la conexión entre las vertientes madrileña y segoviana de la Sierra de Guadarrama.