El nombre de la estación nace primero del lugar y de su función: Ramón y Cajal es el apeadero de Cercanías que sirve al Hospital Universitario Ramón y Cajal, en el norte de Madrid. Renfe describe expresamente la estación como situada junto al centro hospitalario del mismo nombre, mientras que Adif la ubica en el corredor de la M-607, en el borde ferroviario del complejo hospitalario.
Detrás del nombre del hospital está Santiago Ramón y Cajal (1852-1934), médico, histólogo y uno de los científicos españoles más influyentes. El material oficial del aniversario del hospital indica que el centro toma su nombre de Cajal y que su inauguración, el 18 de octubre de 1977, se hizo coincidir con el 43.º aniversario de su muerte.
La fama de Cajal procede de su estudio microscópico del tejido nervioso. NobelPrize.org documenta que el Premio Nobel de Fisiología o Medicina de 1906 fue concedido conjuntamente a Camillo Golgi y Santiago Ramón y Cajal por sus trabajos sobre la estructura del sistema nervioso. La biografía del CSIC subraya que sus descripciones y láminas sirvieron para formar a generaciones de médicos y lo convierten en creador de la neuroanatomía moderna.
El nombre conserva también una historia científica madrileña. Cajal participó en instituciones decisivas para construir la infraestructura moderna de investigación en España, entre ellas el Laboratorio de Investigaciones Biológicas y el Instituto Cajal. Su archivo, dibujos, preparaciones, fotografías, instrumentos y objetos personales forman el Legado Cajal; el Museo Nacional de Ciencias Naturales describe una colección de 28.222 piezas, con 1.800 dibujos científicos y más de 2.700 fotografías.
La estación aparece en documentación histórica de RENFE como Apeadero de Ramón y Cajal, en la línea Madrid-Chamartín a Pitis, abierto con ese nombre en 1984 para servir a la Ciudad Sanitaria homónima. La fecha exacta de apertura requiere comprobar el PDF original de la memoria de RENFE, porque el texto recuperado ofrece 29 de mayo de 1984 en el listado y 3 de junio de 1984 en la prosa. La etimología, sin embargo, queda bien fijada: de la estación al hospital, y del hospital a Santiago Ramón y Cajal.