La estación de Cercanías se llama Tres Cantos por el municipio en el que se encuentra. En términos de transporte, el nombre es local y geográfico: Renfe identifica la estación como situada en el municipio del mismo nombre, dentro del corredor C-4 de Cercanías Madrid.
El topónimo anterior al municipio moderno es especialmente transparente. En castellano, tres no ofrece duda, y canto puede significar trozo de piedra, peñasco o guijarro. Toponomasticon Hispaniae clasifica el nombre como un topónimo claro y explica que en este caso canto probablemente tiene el sentido más concreto de piedra usada como mojón.
Esa lectura como mojón es importante porque Tres Cantos no nació como un municipio antiguo. La explicación académica indica que los tres cantos probablemente se referían al punto de encuentro de los términos de Colmenar Viejo, Alcobendas y Madrid. La ciudad moderna se planificó después, en los años setenta, como desarrollo de tipo ciudad satélite, y siguió vinculada administrativamente a Colmenar Viejo hasta que la Comunidad de Madrid aprobó su segregación el 21 de marzo de 1991.
El nombre ferroviario pertenece a esa etapa moderna. En 1990 ya estaban en marcha las obras para integrar Tres Cantos en la red de Cercanías de Madrid, y el Archivo Histórico Ferroviario conserva documentación de la inauguración del tramo de Cercanías de Tres Cantos en 1991. La estación conserva así un topónimo rural anterior dentro de un paisaje urbano y de movilidad muy reciente.
La interpretación mejor respaldada es 'tres piedras' entendidas como mojones, pero no todos los detalles tienen la misma solidez. Algunos relatos locales sitúan tres piedras de granito en la actual Avenida de los Encuartes, mientras que Toponomasticon Hispaniae formula con cautela la explicación del encuentro de términos municipales como probable. También conviene matizar la idea de que canto sea con seguridad prerromano o céltico: la RAE recoge origen céltico para una acepción de canto, pero Toponomasticon indica que el origen de la voz con valor de piedra es incierto y que la hipótesis prerromana, quizá céltica, no cuenta con pruebas concluyentes.