El nombre de la estación Universidad P. Comillas es directo y funcional. Identifica el apeadero de Cercanías que sirve al campus de Cantoblanco de la Universidad Pontificia Comillas, en el borde norte de Madrid. Adif utiliza la forma completa Universidad Pontificia de Comillas, mientras que la propia universidad emplea también en sus indicaciones de transporte la forma abreviada Universidad P. Comillas.
El nombre de la universidad procede de Comillas, la villa cántabra donde nació la institución. El 16 de diciembre de 1890, el papa León XIII erigió allí un seminario pontificio mediante el breve Sempiternam Dominici Gregis. El proyecto estuvo ligado al primer y al segundo marqués de Comillas, Antonio López y López y Claudio López Bru, y la dirección del seminario fue encomendada a la Compañía de Jesús.
En 1904, el papa Pío X autorizó al Seminario Pontificio de Comillas a conferir grados académicos en Filosofía, Teología y Derecho Canónico. Durante los años sesenta, la Santa Sede impulsó el traslado desde la villa cántabra a Madrid, y dicho traslado fue autorizado por una carta de Pablo VI fechada el 24 de enero de 1969. La universidad describe ese traslado como gradual, hasta que la etapa madrileña pasó a ser central en su identidad actual.
El apeadero pertenece a una historia ferroviaria posterior. La historia de la red publicada por el Consorcio Regional de Transportes sitúa en 2001 la apertura del ramal Cantoblanco-Alcobendas-San Sebastián de los Reyes y de una nueva estación a cielo abierto construida junto a la Universidad de Comillas. Las indicaciones de acceso de Comillas explican a los estudiantes que van al campus de Cantoblanco que deben tomar la C-4 hacia Alcobendas-San Sebastián de los Reyes y bajar en Universidad Pontificia Comillas, no en Universidad-Cantoblanco.
El topónimo más antiguo Comillas es más complejo que el nombre ferroviario. A veces se cuenta una explicación popular basada en 'cinco millas', pero las formas medievales Cumiyas y Cumillas hacen poco verosímil esa lectura. La explicación toponímica más sólida relaciona el nombre con el relieve curvo, los vallejos o las lomas redondeadas; por eso, la frase de la ficha que lo deriva del latín cumella como 'pequeña cima' debería tratarse como una simplificación débil de una interpretación paisajística más amplia.