Atocha es un nombre de transporte construido sobre un topónimo madrileño mucho más antiguo. El intercambiador de Metro y Cercanías toma su identidad pública del gran complejo ferroviario junto al antiguo entorno de Atocha, pero la palabra remite al paisaje: atocha es un nombre español del esparto.
La prueba lingüística más sólida procede de la RAE/ASALE y de Corominas. El diccionario define atocha como esparto y la deriva del mozárabe y árabe hispánico aṭṭáwča, en último término de una voz prerromana *taucia con el significado de 'mata' o 'matorral'. Corominas añade el dato madrileño clave: Toia en 1202 y Tocha en 1219 como formas tempranas del nombre propio local.
La fuente medieval importa porque Atocha ya era un lugar nombrado antes del ferrocarril. La edición del Fuero de Madrid publicada por el BOE incluye el epígrafe Prato de Thoia y el texto El prado de Toia, lo que sitúa el nombre en el vocabulario jurídico y rural del Madrid de comienzos del siglo XIII. En ese contexto, el nombre apunta menos a un monumento que a un prado, arroyo o terreno abierto identificado por su vegetación.
Después, el ferrocarril hizo famoso el topónimo en toda España. La primera estación ferroviaria de Madrid abrió en Atocha en 1851 para la línea Madrid-Aranjuez, y la estación decimonónica del Mediodía fue reconstruida con la arquitectura de hierro y vidrio asociada a Alberto de Palacio. Con la transformación de 1992 para la alta velocidad, la antigua nave de andenes se convirtió en el conocido jardín tropical y el complejo adquirió su papel moderno como gran intercambiador.
Para esta parada concreta de Metro, la historia del nombre es reciente además de antigua. La estación se llamó durante años Atocha Renfe para distinguirla de la antigua estación de Metro llamada Atocha, hoy Estación del Arte. El 19 de diciembre de 2021 las autoridades regionales de transporte anunciaron que Atocha Renfe pasaría a llamarse simplemente Atocha, al considerar que el nombre debía ser genérico porque Renfe ya no era el único operador ferroviario de la estación.