El nombre de la estación procede del antiguo noviciado jesuita situado junto a la calle de San Bernardo. La ficha histórica de Metro de Madrid explica que Noviciado debe su nombre al noviciado de jesuitas que estuvo en el actual número 49 de esa calle, y que la estación se proyectó entre la calle de los Reyes y la calle del Noviciado.
Aquella casa fue el Noviciado de San Ignacio, también llamado Noviciado o Casa de Probación de la Compañía de Jesús. PARES, el portal de autoridades archivísticas españolas, fija su existencia desde el 15 de abril de 1602 hasta 1767 y atribuye su creación a Ana Félix de Guzmán, marquesa de Camarasa, dama de la corte y protectora de los jesuitas.
El noviciado ocupaba prácticamente toda la manzana comprendida entre las actuales calles de San Bernardo, Noviciado, Amaniel y Reyes. Un noviciado no era simplemente una iglesia parroquial, sino una casa de formación: recibía a los aspirantes durante su preparación espiritual antes de entrar en la orden. En este caso llegó a ser una de las principales casas jesuitas de Madrid y, según estudios sobre el patrimonio jesuítico de la Complutense, el principal noviciado de la Compañía en la provincia de Toledo.
Su historia posterior explica por qué el nombre sigue muy presente en la ciudad aunque el conjunto religioso original desapareciera. Tras la expulsión de los jesuitas por Carlos III en 1767, el edificio pasó por otros usos religiosos y estatales; después de las incautaciones del siglo XIX quedó vinculado al traslado de la antigua Universidad de Alcalá a Madrid. La documentación municipal de patrimonio indica que la Universidad Central quedó definitivamente asentada allí por real orden en 1842, con importantes obras desde 1843 y reformas posteriores de Francisco Javier de Mariátegui y Narciso Pascual y Colomer.
La estación se inauguró el 21 de octubre de 1925 dentro de la prolongación Sol-Quevedo de la línea 2. No se ha encontrado un nombre anterior para la estación. La etimología principal es, por tanto, segura, aunque la historia viaria tiene capas: referencias antiguas del callejero indican que la calle del Noviciado se llamó antes calle de San Benito y que el nombre Noviciado aparecía aplicado de otra manera en planos antiguos.