La estación de Canal toma su nombre del Canal de Isabel II, la institución e infraestructura de abastecimiento de agua cuya presencia es especialmente visible en torno a Bravo Murillo, Cea Bermúdez y el entorno de Chamberí. Cuando la prolongación de la línea 7 llegó a este punto en 1998, la documentación regional de transporte explicaba que la nueva estación daba servicio a las instalaciones deportivas y espacios expositivos del Canal de Isabel II, entre otros equipamientos públicos cercanos.
El origen más profundo está en el problema del agua del Madrid decimonónico. Durante siglos la capital dependió de fuentes locales, pozos, aguadores y viajes de agua subterráneos, sistemas incapaces de seguir el ritmo de una ciudad en crecimiento. La solución impulsada a mediados del siglo XIX fue traer agua del río Lozoya, al norte de Madrid, mediante un largo sistema hidráulico de presas, conducciones, túneles, acueductos y sifones.
El paso jurídico decisivo llegó el 18 de junio de 1851. El real decreto publicado en la Gaceta de Madrid ordenó al Gobierno ejecutar las obras necesarias para abastecer Madrid con aguas saludables por medio de un canal derivado del río Lozoya y fijó expresamente su nombre como Canal de Isabel II. El proyecto fue impulsado por Juan Bravo Murillo y sancionado bajo Isabel II; las aguas llegaron a Madrid el 24 de junio de 1858, con la inauguración del primer depósito y de la fuente monumental de San Bernardo.
El paisaje inmediato de la estación también está unido a fases posteriores del Canal. El Tercer Depósito, cercano al área de la estación, se proyectó porque el consumo de Madrid seguía creciendo y el almacenamiento existente resultaba insuficiente. Su historia es más compleja que una fecha simple de 1907-1915: la excavación y trabajos previos comenzaron en la década de 1890, una ambiciosa cubierta de hormigón armado de José Eugenio Ribera se hundió en 1905, y la solución definitiva, más conservadora, se completó en la fase posterior.
Por tanto, el nombre está bien respaldado como topónimo de lugar e infraestructura, no como una dedicatoria directa de la estación a la reina Isabel II. En la práctica, sin embargo, la cadena del nombre tiene dos niveles: la estación se llama por el complejo del Canal de Isabel II, y el Canal recibió en 1851 el nombre en honor de la reina. No se ha encontrado un nombre anterior de la estación; el nombre actual parece corresponder a su apertura el 16 de octubre de 1998.