La estación de Ciudad Universitaria toma su nombre del lugar al que sirve: la Ciudad Universitaria de Madrid, gran campus académico y barrio del distrito de Moncloa-Aravaca. Es un nombre descriptivo, equivalente a 'ciudad de la universidad', y remite a un recinto universitario planificado, no a un santo, un monarca ni un benefactor concreto.
El origen más profundo del topónimo está en un proyecto urbano del siglo XX. Las facultades madrileñas llevaban tiempo repartidas por el casco antiguo, y el nuevo campus se concibió como una solución moderna: un gran recinto universitario en el noroeste de la ciudad, en terrenos vinculados a La Moncloa. La Universidad Complutense sitúa el arranque formal en el real decreto de 17 de mayo de 1927, por el que Alfonso XIII creó la Junta Constructora de la Ciudad Universitaria.
El proyecto tuvo una dimensión educativa, arquitectónica y política. Fue promovido durante el reinado de Alfonso XIII y la dictadura de Primo de Rivera, se inspiró en modelos internacionales de campus y tuvo como director técnico al arquitecto Modesto López Otero. Las obras comenzaron en 1929 y antes de la Guerra Civil ya se habían proyectado o levantado conjuntos importantes, entre ellos edificios médicos, científicos, de letras y hospitalarios.
Después, el campus se convirtió en uno de los paisajes históricos más cargados de Madrid. Sufrió graves daños durante la Guerra Civil y fue reconstruido y ampliado en las décadas posteriores. Hoy el ámbito se asocia sobre todo con la Universidad Complutense de Madrid y la Universidad Politécnica de Madrid, con presencia de la UNED y otras instituciones; además, es barrio oficial de Madrid y está protegido como conjunto histórico desde 1999.
Por eso el nombre del metro está muy bien fundamentado: es un topónimo tomado directamente del campus y del barrio circundante. La estación se inauguró el 13 de enero de 1987, cuando la línea 6 se prolongó desde Cuatro Caminos hasta Ciudad Universitaria, y durante ocho años fue final de línea hasta que la prolongación de 1995 contribuyó a cerrar la línea 6 como circular.