El origen directo del nombre de la estación es la ciudad alemana de Baunatal, en el estado de Hesse. San Sebastián de los Reyes y Baunatal formalizaron su hermanamiento el 28 de agosto de 1990, y la estación madrileña usa ese topónimo extranjero como homenaje cívico, no como un nombre local medieval ni como una descripción del paisaje de Madrid.
El nombre encaja también con el entorno urbano inmediato. La estación da servicio al área de la plaza de la Universidad Popular y la avenida de Lomas del Rey, cerca de calles y equipamientos vinculados al nombre Baunatal en San Sebastián de los Reyes. La crónica contemporánea de la apertura de MetroNorte describió Baunatal como la primera estación de San Sebastián de los Reyes y señaló expresamente que su nombre era un homenaje a la ciudad alemana hermanada con el municipio.
La cronología del transporte es clara. MetroNorte, la prolongación norte de la línea 10, abrió al público el 26 de abril de 2007, con estaciones en Alcobendas y San Sebastián de los Reyes. Baunatal figuraba entre las estaciones sanseras del nuevo tramo denominado línea 10b/MetroNorte, integrado en la explotación de la línea 10 con el conocido cambio de tren en Tres Olivos.
Detrás del topónimo alemán hay una ciudad joven con raíces más antiguas. La información histórica oficial de Hesse registra Baunatal como nuevo nombre municipal desde 1964 y como ciudad desde 1966, formada por pueblos como Altenbauna, Altenritte, Kirchbauna y Großenritte. El nombre remite al valle del Bauna, y el crecimiento moderno del municipio quedó muy ligado a la llegada de la planta Volkswagen Kassel en el área de Baunatal a finales de los años cincuenta.
La explicación principal del nombre está bien respaldada, pero conviene matizar algunos detalles. La estación no se llama así porque Baunatal sea un antiguo paraje madrileño, sino por una relación municipal internacional de finales del siglo XX. Las fuentes varían al describir el emplazamiento exacto de la estación y las cifras actuales de empleo de Volkswagen, por lo que la explicación pública debería evitar afirmaciones demasiado precisas como que está simplemente 'bajo la Avenida de Baunatal' o fijar una cifra de plantilla sin fechar la fuente.