La estación de Metro toma su nombre de Villa de Vallecas, el casco histórico y actual distrito madrileño en el que se encuentra. La documentación de la Comunidad de Madrid sobre la prolongación de la línea 1 sitúa la estación en el casco urbano de Villa de Vallecas y señala que el tramo Miguel Hernández-Congosto entró en servicio en marzo de 1999.
Detrás del nombre del distrito está el topónimo más antiguo Vallecas. El Ayuntamiento de Madrid recoge que el antiguo municipio de Vallecas fue anexionado a Madrid por decreto de 10 de noviembre de 1950, y que la reorganización municipal de 1987 dividió el anterior distrito de Vallecas en Puente de Vallecas y Villa de Vallecas. La estación remite, por tanto, a un nombre de lugar con historia municipal propia antes de convertirse en denominación de distrito madrileño.
La forma escrita más antigua citada habitualmente es Balecas en el Fuero de Madrid de 1202. Los resúmenes modernos suelen precisar que esa referencia medieval no era simplemente el nombre de un núcleo urbano en sentido actual: aludía a un carrascal o dehesa vinculado a los recursos del concejo. Esa precisión importa porque separa la antigüedad documental del nombre de la identidad urbana posterior de la Villa.
El origen de Vallecas es discutido. Una explicación antigua, asociada a Juan Antonio Pellicer en 1803 y repetida después por otros autores, lo hace derivar de Vallis Egas, 'valle de Egas'. La tradición popular cuenta en cambio la historia de un musulmán o árabe llamado Kas, de donde saldría un supuesto Valle-Kas, pero los estudios locales la tratan expresamente como folclore y no como etimología defendible.
La hipótesis lingüística moderna más sólida localizada en las fuentes disponibles es la de Federico Corriente: Vallecas podría venir de una forma romance-andalusí ballaykas, aproximadamente 'zonas de valle', formada sobre el latín vallis con un sufijo árabe o andalusí. Encaja mejor con el contexto lingüístico medieval que la leyenda popular, pero sigue siendo una hipótesis, no un origen demostrado de forma definitiva. El cercano Cerro de la Gavia, con una importante ocupación de la Segunda Edad del Hierro entre el siglo IV a. C. y el I d. C., añade profundidad histórica al paisaje, aunque no explica directamente el nombre de la estación.